作者：فارس ( 現為國立大學之研究生，關注伊斯蘭復興運動，對穆民的負擔來自一半的穆斯林血統，渴望由福音帶出的和平。）
關於台灣穆斯林的發展與變遷，大致分為三個階段：
第一階段為明鄭至日治時期，此階段僅有關於穆斯林活動的零星記錄。民國三十四年則為第二階段；光復後大量的漢語穆斯林移入，構成台灣穆斯林群體的主體。第三階段則為解嚴後的轉變，與外國穆斯林的大量移入，使台灣之穆斯林進入多元化的發展。
在民國政府遷台以前，並沒有穆斯林群體的直接記載，然透過族譜、田野等考證，可追溯出在明、清時期，曾有泉州等地的穆斯林來台發展。但在以漢人宗教、傳統為主的環境中，這批穆斯林未能維繫其信仰文化，而是逐漸消融於漢人社會中。因此到清代、日治時期的官方文件、調查報告，或傳教士檔案中，皆不得見有穆斯林的記錄。
欲理解光復後的台灣穆斯林，必須先回顧中國伊斯蘭的發展。清朝時期的穆斯林社群，在清朝政府的壓迫與內部的動亂下日漸衰微。至民國時期，隨著現代化、新文化、民主與民族思潮的興盛，與當時伊斯蘭世界復興思潮的引入，穆斯林社群於是在出版、教育與社會組織等層面，形成覺醒運動。在此過程中，穆斯林社群始終朝著「興教」與「愛國」兩個歧異的方向努力，然抗日戰爭爆發後，國民政府開始接管、收編穆斯林社群所籌組的社團、學校。其後忠黨愛國遂成為穆斯林群體的第一要務，政府遷台後也展現於戒嚴時期下的台灣穆斯林。
至民國三十八年，大量的穆斯林隨著國民政府來台，其中多為軍人與其眷屬，另也有黨政高層與宗教人士等。此外，已成立於大陸地區的回教組織也隨之來台，其中以成立於抗日背景的中國回教協會（後稱回協）為代表，回協雖為非政府組織，卻與國民政府保持緊密關係，並作為穆斯林對內、對外的代表組織。回協來台後，除推動清真寺、公墓等建設，與教育、朝覲等教務工作，同時在政治與外交上，也肩負起連結中東國家、反共抗俄的角色。
隨著國民政府遷台的穆斯林，依著階層與職業，分散於台北、台中、高雄等城市中，未能形成緊密的社群，使其難以沿續伊斯蘭的宗教傳統，因而逐漸凋零與衰微。至民國五○、六○年代，另有泰國、緬甸的雲南裔穆斯林遷台，特殊的文化與信仰認同，反而促使其在中壢、中和等地凝聚成較集中的穆斯林社群。在此背景下各地的清真寺也一一設立，首先為台北大清真寺，其後陸續有台北文化、高雄、台中、龍崗與台南等清真寺。
自民國七十六年解嚴後，穆斯林群體得以自主發展，然也面臨失去政府的資助、耆老凋零等情況。
第三階段的發展，主要展現於兩岸間的探親、文化與學術等交流與合作。此外，台灣穆斯林的宗教禮俗、教育等，也逐漸跳脫中國回教之傳統，轉而效法以沙特阿拉伯為首的伊斯蘭世界。
八○年代後，政府逐步開放外籍勞工、技術人員與學生的進入，使外國穆斯林得以持續增長。其中以印尼穆斯林為最大宗，另也有土耳其、巴基斯坦等國的穆斯林。外國穆斯林多以移工、看護或學生各類身份來台，移工、看護在台灣社會多為弱勢群體，因而常有虐待、剝削、歧視等事件發生。近年來則在政府與民間團體的重視下，其權益與社會風氣已有一定程度的改善。此外在移工與相關組織的推動下，為滿足其需求，另相繼設立大園、東港、南方澳與花蓮等清真寺。
隨著伊斯蘭國家經濟實力的增強，政府也積極推動商業、文化、觀光與教育等層面的交流、合作，進而使穆斯林群體在台灣的能見度、影響力逐步增強。
回顧台灣穆斯林的發展歷程，自明鄭以降，來到台灣的穆斯林皆在所處的環境中逐漸消融，因而三百多年來的歷史，有賴一批批穆斯林的移入，方得以接續。如今，一面是漢語穆斯林群體的衰微，一面是外國穆斯林的移入與發展，既補上此空缺，也形塑出多元化、國際化的台灣穆斯林社群。